#!/bin/bash

set -o errexit
set -o pipefail

export LC_ALL=C

#export BASE_DATE=20120802
#export BASE_DATA_PATH=/home/mixagol/data/

BASE_DATA_PATH=$1
BASE_DATE=$2
BACKUP_DIR=$3

DATA_DIR="0_src/${BASE_DATE}"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/complete_genomes"* "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="1_databases/${BASE_DATE}"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/wu_blast_db"       "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/genes_go.txt"      "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/genes.txt.gz"      "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/genomes.txt.gz"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/genes_good.txt"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/genes_info.txt"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="2_raw_matrix_find/${BASE_DATE}/wu_blast"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
#cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/results.txt.gz"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="3_raw_matrix_nw/${BASE_DATE}/wu_blast"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/results.txt.gz"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
DATA_DIR="3_raw_matrix_nw/simulation/pupy"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/interpolation.txt" "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/output.txt.gz"     "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="5_pathways/${BASE_DATE}"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/"*   "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="7_aux/gene_ontology/${BASE_DATE}"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/uniprot2go.txt"    "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/go_names.txt"      "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"

DATA_DIR="7_aux/kegg/${BASE_DATE}"
mkdir -p "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"
cp -r "${BASE_DATA_PATH}/${DATA_DIR}/"*   "${BACKUP_DIR}/${DATA_DIR}"


